V roce 1998 se světu představila nová vylepšená verze Game Boye - Game Boy Color. Jak již název napovídá, jeho hlavní změnou a tahákem se stal barevný displej, který dokázal naráz zobrazit až 56 různých barev z palety celkových 32 768. Mimo tuto novinku došlo například i k vylepšení RAM.
Pokémon Gold a Silver (2000)
Po skvělém odstartování celé franšízy a neutuchajícím zájmu fanoušků se společnost Game Freak rozhodla vydat pokračování celé série, a to hrami Pokémon Gold a Pokémon Silver. Vývojáři se drželi své osvědčené taktiky vydání dvou her s malými rozdíly. Tentokrát však na jejich obálky umístili odlišné legendární pokémony. Pro Pokémon Gold to byl legendární ohnivý pták Ho-Oh a pro Pokémon Silver legendární Lugia. Právě tyto dva symboly určovaly právě tu legendu, kterou mohl hráč ve hře chytit.
Nové hry přinesly také novou generaci, která se především věnovala vylepšení té předchozí. Dočkali jsme se tak například nových evolucí již existujících pokémonů jako například Crobata nebo Slowkinga. Celý příběh (nebo spíše honba za odznaky) se odehrává v novém regionu Johto inspirovaném regionem Kansai. Cílem hráče je především vybojovat 8 odznaků a porazit šampiona regionu. Po úspěšném dokončení tohoto úkolu jsme se mohli podívat zpět do regionu Kanto a utkat se i s tamními trenéry stadionů. Vyvrcholením celého příběhu je pak zápas s Redem - protagonistou dílů Red a Blue.
Nedlouho po vydání Gold a Silver vyšla ještě třetí hra Pokémon Crystal, která přinesla do hry několik změn, jako například možnost hrát za dívčí charakter. Maskotem hry se stal Suicune, který sice v předchozích hrách vystupoval, nicméně zde má více prostoru. Koncept vydání dvou her a jedné o něco později se ujal a byl využíván až do sérií se čtvrtou generací.
Pokémon Trading Card Game (1998), Pokémon Pinball (1999) a Pokémon Puzzle Challenge (2000)
S úspěchem celé série přišla i karetní hra a nebýt jí, nejspíš byste tady vůbec nebyli. Toho si samozřejmě všimli i vývojáři her na Game Boye. Proto vznikly karetní hry Pokémon Trading Card Game a Pokémon Card GB2: Here Comes Team GR!, které oblíbenou karetní hru přinesly každému hráči přímo do kapsy.
Dalo se předpokládat, že společně s úspěchem série přijdou i další (tzv. spin-off) hry. Mezi ně se řadí Pokémon Pinball, kombinující pinball s oblíbenou sérií a také Pokémon Puzzle Challenge, který v podstatě převedl úspěšný Tetris do světa pokémonů.
